Helsingin Biopankki

 

Helsingin Biopankki kerää, säilyttää ja luovuttaa biologisia näytteitä ja niihin liittyviä terveystietoja lääketieteellistä tutkimusta ja tuotekehitystä varten. Biopankkinäytteiden avulla selvitetään sairauksien syitä sekä perimän, ympäristön ja elintapojen vaikutusta sairauksien syntyyn. Tutkimukset tähtäävät sairauksien ehkäisyyn sekä turvallisempien, tehokkaampien ja yksilöllisempien hoitojen ja diagnostiikan kehittämiseen. 

 

Helsingin Biopankin perustivat ja rahoittavat yhdessä Helsingin ja Uudenmaan sairaanhoitopiiri HUS, Helsingin yliopisto, Kymenlaakson sairaanhoito- ja sosiaalipalvelujen kuntayhtymä Carea sekä Etelä-Karjalan sosiaali- ja terveyspiiri Eksote.

Keväällä 2015 toimintansa käynnistänyt Helsingin Biopankki käsittelee vuosittain kymmeniä tuhansia uusia näytteitä. Esimerkiksi pala kudosta tai koeputkillinen verta otetaan pääsääntöisesti sairaala- tai laboratoriokäynnillä muun näytteenoton, koepalojen ja leikkausten yhteydessä potilaan kirjallisella suostumuksella.

 

Biopankkinäytteiden ja suostumusten keräys kuuluu HUS:n tämän vuoden kärkihankkeisiin. Tavoitteena on saada näytteet tänä vuonna kymmeneltä prosentilta HUS:n kaikkiaan 500 000 potilaasta, ensi vuonna 25 prosentilta. 

 

Helsingin Biopankin johtaja Kimmo Pitkänen näkee, että osana yliopistollista keskussairaalaa Biopankilla on hyvät lähtökohdat saada HUS:n kaikkien vastuualueiden johto, lääkärit sekä hoito- ja toimistohenkilökunta informoitua ja mukaan tukemaan tutkimustyötä. 

 

”Tässä on kaksi hienoa mahdollisuutta tehostaa toimintaa: juurruttaa näytesuostumusten keräys osaksi kliinisen sairaanhoidon rutiineja –  toimintaympäristössä, joka on kuormittunut. Toiseksi, hyvät IT-työkalut vapauttavat henkilöstön aikaresursseja, auttavat käytäntöjen jalkautuksessa ja puhetyöläisen työssä. Rakennamme toimintatapoja sellaisiksi, että biopankkisuostumuksen antaminen on mahdollisimman helppoa ja automaattista. Esimerkiksi biopankkisuostumuksen voi antaa myös sähköisenä Biopankin nettisivujen kautta. Käytännössä sähköisten palvelujen rinnalla tulevat toimimaan biopankkitiedote ja muut aineistot, jotka lähetetään paperikirjeenä potilaalle kotiin jo sairaala- tai poliklinikkakutsun yhteydessä.”

 

Helsingin ja Uudenmaan sairaanhoitopiirin yksiköihin hoidettavaksi tulevalta saatetaan pyytää biopankkisuostumus. Hän saa tietopaketin biopankkitoiminnasta, tietosuojasta ja suostumuslomakkeen, jolla luvan biopankkinäytteenottoon voi antaa tai halutessaan kieltää. Tähän mennessä 98 % henkilöistä, joilta suostumusta on kysytty, on sen antanut. 

 

"Samalla on pidettävä huolta siitä, että potilaille annetaan riittävät tiedot, jotta he voivat aidosti ottaa kantaa siihen, osallistuako tutkimustoimintaan luovuttamalla biopankkinäytteen”, Pitkänen painottaa.

 

Suostumus, näytteeseen liittyvät tiedot, näytteen sijaintipaikka, mihin tutkimukseen näytettä on luovutettu ja paljonko sitä on jäljellä, yhdistetään ja hallinnoidaan Biopankin käyttämässä LabVantage -tiedonhallintajärjestelmässä. Tietoja käsitellään aina luottamuksellisesti ja yksityisyyttä suojaten, eikä näytteenantajan henkilötietoja luovuteta tutkijoille, viranomaisille eikä esimerkiksi työnantajalle. 

 

Näytteenluovuttajalla on oikeus tietää, mihin hänen näytteitään ja tietojaan on luovutettu. Hän voi myös päättää, haluaako hän tietää omaan terveyteensä vaikuttavista merkityksellisistä biopankkitutkimuksen löydöksistä.

 

Biopankkinäytteitä tarvitseva tutkija tai hanke ottaa Helsingin Biopankkiin yhteyttä ensin esitiedusteluvaiheessa, jotta Biopankki voi pohtia konkreettisia mahdollisuuksia näytteiden tai tietojen luovutukseen. 

 

”Jos tutkimushanke näyttää hyvältä ja siltä, että pystymme palvelemaan, hakija tekee virallisen hakemuksen. Hakemus käsitellään tieteellis-eettisessä arviointiryhmässä, joka arvioi hanketta biopankkilain mukaisesti, ja antaa aineiston antamisesta hankkeelle puollon tai kielteisen lausunnon. Jos hanke on korkeatasoinen, eikä myöskään kyseisen potilaan diagnostiikka vaarannu, luovutus lähtökohtaisesti tehdään”, Kimmo Pitkänen kertoo.

 

”Se on yksi tarve tietojärjestelmälle. Palautuvan datan hallinnassa on paljon laatukysymyksiä, kuten miten näytteitä koskeva ja niihin liitettävä data määritellään, jotta se on oikeasti käyttökelpoista seuraaville tutkimuksille.”

 

Määrällisesti erittäin tärkeässä roolissa olevaa näytetyyppiä, patologian kudosnäytteitä kokoelmassa on jo 3-4 miljoonaa. Ne karttuivat 31 vuoden ajalta HUS:n arkistoon, joka kesällä 2016 siirrettiin Helsingin Biopankille. 

 

”Se on valtava näytemäärä, johon valtaosa saamistamme noin 30 hakemuksesta on kohdistunut.”

Biopankin näytteiden ja tietojen hallinnointiin Helsingin Biopankki valitsi alkuvuonna 2017 Software Pointin toimittaman LabVantage Biobanking -järjestelmän. Sen ensimmäinen vaihe otettiin käyttöön huhtikuussa, ja toinen vaihe otetaan käyttöön syksyllä. Lisäksi käytössä on LabVantage Connect -alusta, joka yhdistää eri järjestelmät ja laitteet, ja tukee kliinistä ja hallinnollista tietoa yhdistävää HL7-standardia.

 

Helsingin Biopankissa työskentelee 18 asiantuntijaa – sekä patologian että kliinistä osaamista, laboratorioväkeä, IT-ihmisiä ja analyytikkoja. Ensivaikutelmat uudesta tiedonhallintajärjestelmästä ovat johtaja Kimmo Pitkäsen mukaan varsin myönteiset. 

 

”Software Point on osannut ja halunnut kuunnella meidän toiveitamme. Kun järjestelmän käyttöönoton kakkosvaihe on saavutettu, toivon saavani järjestelmästä tunnuslukuja, tilastotietoa ja ehkä visualisointia toiminnan seurantaan.”

 

Projektia vetänyt Biopankin IT-järjestelmävastaava Hanna Heikkinen komppaa:

 

”Yhteistyö Software Pointin ammattilaisten kanssa on ollut sujuvaa, olemme päässeet eteenpäin rivakasti ja joustavasti. Työskentely on edennyt hyvässä hengessä yhdessä ideoita pallotellen ilman turhaa toimittaja-asiakas -vastaanasettelua. Kommunikointi on ollut suoraa ja selkeää.” 

 

Heikkinen toteaa, että vaikka tiedossa on ollut, että suomalaisen sairaalabiopankin toimintojen tukemiseen vaadittava tiedonhallintajärjestelmän toteutus rajapintoineen on huomattava urakka, työn määrä on melkoinen. Projektiryhmä eteni jatkuvasti keskustellen ja priorisoiden, hakien ensin mahdollisimman yksinkertaista mutta toimivaa ratkaisua, jota sitten hiottaisiin jatkokehityksessä. 

 

”Ennakoimme haasteeksi myös ensimmäisen käyttöönottovaiheen erittäin nopean käyttöönottoaikataulun, joka kuitenkin saatiin pitämään. Nyt projekti jatkuu hieman rauhallisempaan tahtiin vuoden loppuun, joten paljon merkittäviä toiminnallisuuksia ja rajapintoja on kehitteillä. Olemme koko ajan tehneet valintoja siitä, mihin tahtiin uusia ominaisuuksia voidaan ottaa käyttöön, ja kuinka paljon keskitymme olemassaolevien toimintojen parantamiseen.”

 

Uuden järjestelmän logiikan omaksumisen jälkeen biopankkilaiset ovat pystyneet ratkomaan näytelogistiikassa sekä laite- ja järjestelmäliittymissä ilmeneviä pulmatilanteita järjestelmästä löytyvien ominaisuuksien avulla.

 

Järjestelmään syötetään päivittäin 150-200 uuden näytteen tiedot, ja kun yksi näyte jaetaan useisiin alieriin, näytemäärä kasvaa nopeasti. Tarkoitus on tuoda järjestelmään pian myös Helsingin Biopankin arkistonäytteet, joita on miljoonia.

 

”Järjestelmä on jo nyt erittäin hyödyllinen näytetietojen ja -luovutusten kirjaamisessa ja hallinnoimisessa. Varsinainen potentiaali saavutetaan, kun järjestelmä integroidaan HUS:n tietoaltaaseen, jolloin näytteiden haku esimerkiksi tietyn sairauden ja ikäryhmän pohjalta on kätevää ja helppoa.”

 

”Samoin odotamme kovasti sitä, että pääsemme linkittämään näytteisiin kolmannen osapuolen järjestelmissä hallinnoitavia tietoja, kuten genomidataa tai digitoituja kuvantamistallenteita, joihin liittyvän metadatan avulla voimme entistä paremmin luokitella ja hallinnoida näytekokoelmiamme.”

Kudosnäytteet luovutetaan tutkijoille mikroskooppilasilla, hiottuina ohuiksi leikkeiksi. Biopankki jalostaa näytemateriaalia tutkimushankkeille myös TMA-menetelmällä (tissue microarray), jossa useita edustavia otoksia saman tai useamman henkilön näytteistä kootaan yhdelle mikroskooppilasille. Johtaja Kimmo Pitkänen pohtii jo tulevaisuuden käyttömahdollisuuksia:

 

”Sekä perinteisten mikroskooppilasien että TMA-lasien luovutuksessa yksi toiminnan kehitysmahdollisuus olisi lasien digitoiminen Biopankissa jo ennen luovutusta ja luovuttaa kuvatallenne tutkijalle. Näytteet eivät loppuisi kesken ja kun ne olisivat sähköisessä muodossa, eikö niitä pystyisi myös analysoimaan automaattisesti?”

 

”Tämä on niin pitkä ketju, että on hyvä hyödyntää muutakin kuin meidän ja HUS:n osaamista: etsiä yrityskumppanuuksia, kyvykkyyksiä, analytiikka-algoritmeja ja palveluja siihen väliin.”

 

”Samoin tuleva genomikeskus on meille erittäin merkittävä asia, koska genomitieto on ensimmäinen biologinen big data -kokonaisuus, joka tulee linkkautumaan biopankkiin. Sille on jo nyt suuri tarve. Alkaa olla iso määrä kliinistä ja elintapatietoa terveestäkin kansalaisesta, ja biologista faktaa pystytään generoimaan entistä enemmän. Kokonaisuus, jossa tarkasteluun otettaisiin koko kansakunta yksittäisten paikkakuntien tai potilassyiden sijasta, olisi varmasti maailmanluokan kokonaisuus.”

 

Kimmo Pitkänen kuitenkin korostaa, että Helsingin Biopankki palvelee tutkijoita, lääkeyhtiöitä ja pk-yrityksiä aivan samalta viivalta. 

 

”Yhteinen nimittäjä ja perimmäinen syy on se, että potilaita pystytään hoitamaan paremmin.”